Die frühesten archäologischen Funde in Biberwier gehen auf die Früh-La-Tène Zeit zurück.
Im 13. Jahrhundert wurden in Biberwier, wie auch in den meisten anderen Regionen des Ausserferns, Schwaighöfe gegründet. Spätere Urbare geben darüber Aufschluss, dass diese Besiedlung von landesfürstlicher Seite (Gericht St. Petersberg) und vom Stift Füssen ausgingen.
Erstmalig genannt wird Biberwier im Jahre 1287 als "Piberwure". Schon bald danach wurde Biberwier dem Gericht St. Petersberg entzogen und dem Gericht Ehrenberg unterstellt, wobei Biberwier der Anwaltschaft Lermoos zugeteilt wurde. Seit 1556 wird der Ort als Gemeinde bezeichnet und im Jahre 1598 wurde erstmals ein Dorfmeister gewählt.
Im 15. Jahrhundert begann im Gebiet um Biberwier, wie in vielen anderen Teilen Tirols, ein intensiver Bergbau: Am Schachtkopf und Wampaten Schrofen wurden Silber, Blei und Zink abgebaut und in der Gemeinde in Hütten weiter verarbeitet. Dieser Wirtschaftszweig zog eine große Anzahl von Bergleuten an. Den Höhepunkt erreichte der Bergbau im 18. Jahrhundert, doch aufgrund der Weltmarktsituation wurde 1880 der Abbau offiziell eingestellt, in geringem Maße jedoch bis 1938 weitergeführt. Anstelle der oben angeführten Erze wurde ab 1875 Kohle, Ichthyol und Mangan am Wanning abgebaut. Im Jahr 1950 wurden auch diese Tätigkeiten eingestellt.